在这样的背景下，海上风电项目开工建设的前提就必须符合海洋功能区划。然 而，海上风电在以往的海洋基本功能区划中并无涉及。
唯一能看到海上风电相关的规定是，2010年10月国家海洋局对省级海洋功能区划编制技术要求时，将原一级类“矿产资源利用区”、“海水资源利用区”和“海洋能利用区”合并为“矿产与能源区”，主要用于开发利用潮汐能、波浪能等可再生能源的海域被划入其二级类别 “可再生能源区”。
这其中，也没有提出开发海上风能，只是在注释中指出，我国 “海上风能资源分布广泛，目前尚未完全调查清楚”，且海上风电场与部分用海兼容，现阶段可在基本不损害海洋基本功能的前提下，选择合适海域进行海上风电场建设。
因此，由国家能源局主持，但国家海洋局并未参与的第一轮海上风电项目招标的项目，在审批过程中遇到的规划衔接困难就不难理解了。
“在海上发展风电，不只是国家发展改革委、国家能源局说了算，国家海洋局是海域的直接管理部门，国家能源局的风电规划与海洋区域功能区划之间缺乏协调沟通，而地方利益在海上风电中也没有得到体现。这才是各个规划衔接不畅的根本原因。”风电业内人士向记者分析表示。
除了国家海洋局和地方上对于海洋及近海地区的发展规划对海上风电的发展形成制约，更麻烦的是与海军的协调。在6月底，国家能源局在江苏南通召开的全国海上风电工作座谈会上，多位与会代表都表达了与海军沟通海域使用过程中的困难。
其中，又以毗邻台湾的福建省最为矛盾最为突出。据福建省发展改革委代表表示，福 建2009年编制的海上风电发展规划最初规划了1000万千瓦的装机容量。2010年与海军基地沟通后，规划被直接缩减至170万千瓦。经过多次争取，规划装机容量才勉强增至495万千瓦。今年7月福建省发展改革委邀请当地的陆海空三军和相关职能部门一起论证规划方案，并向南京军区正式报送，至今仍杳无音信。
“主要是因为福建与台湾相邻，涉及复杂的军管问题，很难大规模地开建风场。”该代表无奈地表示。
有类似问题的并不只福建一省。我国计划在11个沿海省份开发海上风电。“每个省份几乎都涉及军事用海，影响有大有小。”施鹏飞表示，除了福建，受影响较大的包括河北、山东、天津以及广东、海南。
